Herr Niggli absolvierte 1984 sein Masterstudium, 1992 sein Doktorat und 1998 seine Habilitation für Strafrecht, Kriminologie und Rechtsphilosophie an der juristischen Fakultät der Universität Zürich (Schweiz), wo er auch als Dozent für Strafrecht und Rechtsmethodik tätig war. 1995 wurde er Assistenzprofessor für Strafrecht und Kriminologie an der Universität Fribourg (Schweiz) und 1999 ordentlicher Professor für Strafrecht, Strafprozessrecht und Kriminologie. 2001 wurde er ordentlicher Professor für Strafrecht und Rechtsphilosophie. Von 2009 bis 2014 war er Dekan der juristischen Fakultät der Universität Fribourg (Schweiz) und von 2012 bis 2014 Vorsitzender der Internationalen Vereinigung deutschsprachiger Kriminologen (KrimG).